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简单来讲，mobi格式，是亚马逊开发的电子书传输格式，而azw3，则是加了版权保护的mobi格式。
epub格式，是通用的电子书格式，主流阅读APP都支持。

epub

epub（Electronic Publication的缩写，电子出版）
epub 是开放标准，所以在开发工具上 epub 也会有更大的选择。
epub格式电子书最大的特点就是通用性强，是目前支持阅读软件最多的电子书。
epub 格式对于复杂的排版，图表，公式等元素的兼容性比mobi格式要好。

mobi

MOBI的推手主要是Amazon， 此格式电子书的发展很大程度上依靠Amazon这个巨大的内容提供商及其电子书阅读器Kindle的流行普及。

其中mobi电子书主要分为KF7（也称mobi7）和KF8（也称mobi8）两种标准的Kindle电子书。
mobi7:不支持在Kindle中更换字体、加粗等比较丰富的排版格式。
mobi8：支持这些丰富的排版格式。
both格式（推荐）：可以最大程度还原mobi8的复杂排版，邮箱传输至Kindle还支持更换、加粗字体、内嵌字体等复杂精美的排版。

azw3

现在大部分已经是azw3格式。而以前主流的mobi格式则越来越少，azw3正逐渐取代mobi成为Kindle电子书的主流格式。
你可以将azw3理解为亚马逊给mobi8电子书加的一个「保护壳(DRM技术)」，目的是为了更好地保护电子书的版权。也就是说，azw3格式的电子书兼具mobi8电子书支持丰富内容排版的特点。

为什么亚马逊不选择epub这种竞争对手和图书馆普遍采用的标准电子书格式？
因为格式是自己定制的话，自己就有还大的主动权，自己想增加什么新功能的话都非常方便。

技术层面上EPUB、Mobi、AZW3的区别

从技术实现的角度上讲，它们三者基本是一致的，它们都是基于HTML和CSS技术来实现图书内容的呈现，以及样式的定义的。它们的诞生，是伴随着移动设备的发展而来的。在它们出现之前，大量的电子书是使用PDF来制作的，这样的电子书在桌面端还没有什么问题。但是一旦拿到移动设备上阅读，就会遇到巨大的挑战，文字内容会等比缩小，导致阅读体验及其糟糕。正是为了解决这个问题，亚马逊开发了MOBI技术，用于自己的Kindle设备。随后苹果、谷歌、微软等一众大佬，担心亚马逊一家独大，就组成了一个电子出版联盟，搞了一个EPUB技术，希望以开源的形式对抗亚马逊。这些信的电子书格式，通过利用HTML和CSS，可以很好的把内容做成“自适应”的，可以让内容自动根据屏幕的大小去“流动式”的布局，从而提供更好的阅读体验。这就是它们诞生的过程。

由于亚马逊一开始做MOBI时，想的是比较简单的，只考虑到了文字和图片，对比较复杂的内容没有过多的思考，所以MOBI的格式是相对简陋的。而EPUB格式出世时，就显得比较激进，定了很多复杂的技术标准，可以呈现非常复杂的图书内容。后来亚马逊为了追上EPUB的步伐，就弄出了一个AZW3的格式，基本上追平了EPUB。

所以，最终对我们大多数人来说，三者的关系如下：AZW3≈EPUB>=MOBI
市面上也有很多转码软件，可以对三者进行无缝的转码

你知道现在市面上，那么多“免费”下载的EPUB电子书，都是哪里来的吗？
可以说99%都是有人从Kindle上买的MOBI或AZW3格式的电子书，然后去掉DRM（你可以理解为一个防盗机制），再转成EPUB的。